Antiguamente fue conocida como ermita de San Sebastián y los Santos Mártires, datándose del último cuarto del siglo XV. Aquí tuvo lugar la celebración del Capítulo General de la Orden de Santiago en 1477, donde se eligió como Maestre General de la Orden a D. Alonso de Cárdenas, quien contribuyó al enriquecimiento de Azuaga y de todas las localidades que pertenecían a la Orden. Poseyó la categoría de ermita hasta el año 1590, fecha en la que pasó a convertirse en capilla de un convento de frailes mercedarios. Actualmente es una iglesia de estilo gótico-mudéjar y que se encuentra bajo la advocación de la Virgen de la Merced. En su exterior presenta una portada principal en la que se aprecian dos estribos semicilíndricos que, no son idénticos, y que le aportan un aspecto de fortaleza. También destaca el ábside que queda al descubierto.