Los fondos del Museo se reparten por las salas que conforman las distintas dependencias de la Catedral Metropolitana de Badajoz.
Uno de sus atractivos es que el propio claustro hace las funciones de sala, por lo que podemos recorrerlo disfrutando de las magníficas obras que allí se exponen.
Objetos de la liturgia de siglos pasado, haciendo especial hinca-pié en las custodias, de las que hay una colección importante, cantorales; marfiles filipinos y el mobiliario de la Nueva Sala Capitular, así como los fastuosos tapices flamencos del siglo XVI .
Es importantísimo hacer mención a las obras del Ilustre pintor del siglo XVI Luis de Morales, apodado el Divino y del que allí se conservan cuadros muy representativos de su obra.