Actualmente cercado por un baluarte de la muralla del XVII, el Convento fue construido en el último cuarto del siglo XVI y ocupado por Monjes Franciscanos en 1.594, provenientes de un primer convento más sencillo en las inmediaciones, fuera de la ciudad. En la época española, con el cambio de la administración eclesiástica, en 1804, fueron sustituidos por monjes españoles de la Colegial Mayor de San Pedro y San Pablo de la Universidad de Alcalá de Henares, que se mantuvieron en él hasta 1.835. Posteriormente fue destinado a diferentes actividades; la última dedicada a almazara de propiedad privada, aunque se proyecta la compra por parte del municipio para restaurarlo y dedicarlo a actividades culturales.