Considerada la primera ermita de la Ciudad, fue erigida bajo la advocación de los mártires San Fabián y San Sebastián. Su arquitectura, de influencia románica, data de finales del siglo XIV.

Acogió las Asambleas Generales de la Mesta en el siglo XVI, siendo restaurada a finales del siglo XVIII y otra vez a mediados del siglo XIX.

En 1992, bajo la dirección del arquitecto José Benito Sierra Velázquez, se realiza una remodelación interior de la Iglesia, recuperando así el aspecto de sus bóvedas de ladrillo.

El hallazgo de restos arqueológicos y enterramientos romanos en los alrededores, denota la existencia de un hábitat romano. Existen indicios de la construcción de otro Templo o Ermita anterior en el lugar.

Esta Iglesia fue considerada Parroquia en 1896.