Está situada en la Fuente de los Santos frente al Palacio de la Vicaría, edificio en el que se encuentra ubicado el Museo de Arte Sacro de la Ciudad. La fundación de este santuario está relacionada con la vida de Isabel Méndez, beata del siglo XVII, conocida por M. Isabel de la Cruz, de quien corre la fama popular que murió en olor de santidad, y por eso sobre el solar de la casa en que habitaba erigieron esta ermita. En la portada de ella hay un rótulo en barro cocido, que reza “Sacellum venerabilis Elisabeth á Cruce, quae obiit X Kalendas Martias anno millesimo sexcent octogessimo primo”. Esto es: “Capilla de la venerable Isabel de la Cruz, que murió el 10 de las Kalendas de Marzo de 1681. En ella se venera el Cristo de la Vera Cruz.