Levantada para sustituir la vieja iglesia que se hallaba en la actual Plaza Grande, sufrió numerosos altibajos en su proceso constructivo que no mermaron, sin embargo, sucandelaria1 unidad espacial y estética. Se iniciaron las obras en 1527, a iniciativa del tercer conde de Feria, y se abre al culto, aunque sin terminar, en 1546. La construcción prosiguió hasta su culminación allá por la última década del siglo XVI. Fueron Maestros Mayores de la fábrica Juan García de las Lieves y su yerno Andrés de Maeda. La planta, alzados y volúmenes de la iglesia derivan de los ensayados a caballo del cambio de siglo XV al XVI: una sola nave, con capillas entre los contrafuertes y coro alto a los pies, crucero con cortas alas y ábside ochavado.
En 1609, la iglesia era erigida en Colegial Insigne debido al celo religioso del tercer Duque de Feria. Por entonces se construyó una nueva sacristía y la sala del capítulo.