Fue fundado en 1573 por García de Merlo, rico mercader segureño, para monjas franciscanas, que lo ocuparon hasta el 1870. De la antigua construcción resta la iglesia de una sola nave y parte del claustro, oculto en las casas vecinas.

Destacan al exterior su espadaña y dos miradores soportados por arcos de medio punto. La iglesia tenía cinco altares pero en la actualidad sólo quedan dos, el altar mayor que se dota de un retablo dedicado a la Virgen de Guadalupe, y otro lateral, bajo la advocación e imagen de la Virgen de Fátima, que da nombre a esta iglesia.