En el interior del Convento de San Benito encontramos un doble claustro mudéjar asentado sobre arcos de medio punto rebajados.

El claustro bajo es de cañón apuntado y se sostiene sobre tres arcos de medio punto rebajados en cada uno de sus cuatro lados, sobre pilares de granito de sección octogonal.

Este se dota depinturas al fresco que representan escenas relacionadas con la historia de la Orden, en el que San Francisco aparece al menos en cuatro de ellas. Estas pinturas pertenecen a la primera mitad del s. XVII, donde se deduce,que al ser del mismo estilo, han sido pintadas por un mismo autor, probablemente algún fraile de la Orden.

Obras:

t El Milagro de las rosas, Indulgencia de la Porciúncula o Aparición de Cristo y la Virgende los Ángeles a San Francisco

t San Francisco según la visión del papa Nicolás

t Santa Clara defiende su convento de Asís del ataque de los sarracenos

t San Diego de Alcalá cura al príncipe Carlos, hijo de Felipe II

t El milagro del Pan de Pobres

t San Francisco degüella a un mitrado

t Santa Rosa de Viterbó

t San Francisco y sus compañeros servidos por los ángeles

t El Cardenal Cisneros en la toma de Orán

t Franciscano bautizando a un indio

t Santa Clara en su celda

El zócalo que luce actualmente es una plantilla de pintura que simula el anterior, diseñado a base de un friso de tema vegetal y rombos que van en serie.

Separando las imágenes encontramos un vía crucisque comienza a la derecha de la puerta que comunica la iglesia con el claustro, donde se inicia la procesión de penitencia franciscana. Recuperadas encontramos 8,aunque deben ser 14. Estas guardan gran similitud a la de la talla del Stmo. Cristo de la Reja.

En claustro alto está parcialmente decorado con esgrafiados.