De la antigüedad del doblamiento de la zona son testigos los yacimientos musterienses y pinturas esquemáticas del abrigo de La Claderita, en la Sierra de Peñas Blancas, el Dólmen funerario, situado a unos 3 km en dirección a Oliva de Mérida, y el conocido como Jarro de La Zarza, correspondiente al periodo orientalizante (siglos VII y VI a.c.) que actualmente se encuentra en el Museo Arqueológico Provincial de Badajoz.

Los antecedentes directos del asentamiento actual se encuentran en el enclave fundado, a mediados del siglo XIII, por el Maestre de la Orden de Santiago D. Pelay Pérez Correa, bajo fuero otorgado a Mérida en 1235, quedando incluida en la Jurisdicción de Mérida como aldea dependiente de Alange, de la que recibió su topónimo, Zarza de Alange.

A comienzos del siglo XIV Alange es entregada a la Orden de Santiago, constituyéndose en Encomienda, perteneciendo jurisdiccionalmente a la Provincia de León. El ámbito jerárquico de su castilla comprendía a Villagonzalo, La Zarza, Oliva de Mérida, Palomas, Puebla de la Reina, Puebla de Prior y Ribera del Fresno, cuyos diezmos eran entregados al convento de San Marcos de León, a través de su administrador en Mérida.

En 1566 Felipe II concede a la villa de Alange el privilegio de Jurisdicción de Primera Instancia, mediante carta de exención jurisdiccional, aunque dependiente del gobernador de Mérida en Segunda Instancia. Las aldeas de La Zarza y Villagonzalo dependían de ella, estos tres núcleos formaban la Encomienda de Alange de la Orden de Santiago.

En 1588 el monarca concedió la Jurisdicción Civil y Criminal de Primera Instancia a Villagonzalo y, un año después a La Zarza, eximiéndose de Alange mediante pago de 16.762 ducados.

En 1991 se cambia la denominación del municipio de Zarza de Alange por el de La Zarza, autorizado por el decreto 24/1991, de 20 de marzo y se aprueba el Escudo Heráldico y Bandera Municipal para el Ayuntamiento de La Zarza el 24 de julio.