La Hermandad se creó el 20 de noviembre de 1501, con fines de asistencia social, según el impulso fundador de la reina Doña Leonor de Lancaster, mujer de D. Juan II de Portugal y hermana de su sucesor, el rey D. Manuel I. En 1520, el Rey ordenó su traslado a la Ermita del Espíritu Santo, frente a la puerta de Los Ángeles. Aunque las primeras obras se inician en 1548, y continúan a lo largo del mismo siglo, la iglesia alcanza su fisonomía actual sólo en 1732. De entre sus fines fundacionales: hospital, recogida y tutela de expósitos, asistencia a presos y condenados, enterramientos y asilo, en la actualidad mantiene sólo este último, con unas buenas instalaciones.

Destacan en su interior tres retablos barrocos, siendo el Mayor un retablo expositor postridentino portugués, con un añadido posterior de Nuestra Señora de Loreto. Los de la nave están dedicados, el del lado del Evangelio al Espíritu Santo y el del lado de la Epístola a la Misericordia. Todas las paredes están recubiertas por azulejería historiada de 1723, firmada por Manoel dos Santos, representando las obras de misericordia corporales.