Está situado a las afueras de la ciudad y aún se conservan ciertos vestigios del antiguo edificio. Los frailes franciscanos de Santa Margarita pidieron en 1576 autorización para mudarse a la ermita de Aguas Santas y establecer allí su convento. En el exterior sobresale la Portada de la Iglesia ,de estilo neoclásico. La iglesia del convento es de una sola nave, de planta rectangular cubierta con bóveda de cañón. Actualmente el edificio alberga un Colegio de Educación Especial. La titular del Convento es la Patrona de la Ciudad