El Convento de San Francisco comenzó a ser construido en el año 1543 por orden de Doña Felipa de Sotomayor, tía de Fray Juan de la Puebla, en honor a su sobrino. Se terminó en 1553. Es de estilo herreriano y tiene un patio ante la puerta de singulares primores y hechuras. El nombre del convento en su fundación era Santa María de la Paz.
El templo tiene una sola nave con cúpula y una capilla a cada lado. Fue lugar de noviciado de la Orden Franciscana de la Provincia de Santa María de los Ángeles, hasta su traslado a Guadalupe. Con la desamortización de Mendizábal, pasaron a manos privadas la mayor parte de las dependencias del convento, aprovechándose para construir viviendas particulares