Debido al crecimiento de la población a espaldas de la anterior Iglesia Parroquial de Santiago Apóstol y actual ermita de la Granada, se tomó la decisión de trasladar la parroquia hacia el centro de la población, edificando para ello la nueva iglesia —"con la Advocación de la Concepción de Nuestra Señora"—y abandonando la primitiva parroquia.
En el lugar elegido se asentaba un antiguo hospital u hospedería que servía de refugio para peregrinos que hacían el camino de Santiago desde el sur, o para pobres e indigentes, aunque en aquella época “ya no se acogían en él pobres y no tenía rentas salvo las limosnas”. Así, en el año 1523, el monarca Carlos I otorgó un privilegio a la Villa y Concejo de Montemolín para que pudiesen trasladar la parroquia a la Plaza Mayor.

La Iglesia fue edificada según las trazas del maestro Juan García y en 1553 las obras estaban muy avanzadas gracias a una provisión real de Carlos I en las que el gobernador de Montemolín obtuvo carretas, piedra y madera para acabar el templo. En 1595, los fondos económicos con los que contaba el Concejo para la obra fueron utilizados para otras necesidadas, por lo que se debió arrendar la hierba y bellotas de las dehesas de Gallicanta y Garrapito para “para hacer una portada, torre y campanario”.
El edificio perteneció a la Orden de Santiago, según archivos; fue propuesta al tribunal especial de las órdenes militares como perteneciente a esta orden. Puede observarse por las conchas y cruces que sirven de remates y adornos tanto en el exterior como en el interior del templo.
Se trata de un edificio de realización Gótico-Renacentista de planta rectangular, alargada y de nave única fabricada con mampostería y piedra sin encalar. Sus medidas exteriores son 70 metros de largo por 32 metros de ancho y 18 metros de altura. Es un edificio sólido, pesado y sombrío en su parte exterior; pero ligero, esbelto y bien iluminado en su interior.