La colección Visigoda está ubicada en la antigua Iglesia de Santa Clara, inmueble barroco edificado en la primera mitad del siglo XVII. En este lugar coexistían la colección visigoda y la romana hasta que esta última se trasladó al Museo Nacional de Arte Romano. Es la mejor colección de la escultura visigoda peninsular, fue formándose paulatinamente desde el siglo XVI a partir de colecciones de particulares y del interés de ciertos eruditos. En las vitrinas se exhiben piezas de la vida cotidiana y de la muerte de la época visigoda.